Die Orgel von St. Heinrich ist das vierte Instrument in der Geschichte der Heinrichskirche.
In der neu erbauten Kirche diente zunächst ein Harmonium zur Begleitung der Gesänge, bis bald eine kleine Orgel mit 7 Registern angeschafft wurde. Diese (für die Größe des Raumes viel zu kleine) Orgel, die noch heute in Herz-Jesu, Mannhof, ihren Dienst tut, wurde im Jahr 1931 ersetzt durch ein Instrument mit 29 Registern.
Nach über 30 Jahren war diese Orgel überaltert und reparaturbedürftig, so dass man sich Anfang der 1960-er Jahre entschloss, eine neue Orgel anzuschaffen. Der Auftrag zum Orgelneubau wurde schließlich vergeben an die Firma Eisenbarth in Passau, die die Orgel im Jahr 1965 in der Kirche errichtete. Orgelweihe war am 11. September 1965.
Die Orgel verfügt über 46 Register auf 3 Manualen und Pedal bei mechanischer Spieltraktur und elektrischer Registratur, die Zahl der Pfeifen beträgt rund 3300.
Im Zuge der Renovierung der Heinrichskirche 1993/1994 wurde die Orgel komplett demontiert, einer Generalreinigung unterzogen und in einigen Punkten modernisiert: Sie erhielt einen neuen Spieltisch und eine elektronische Setzeranlage samt Diskettenlaufwerk, die Traktur wurde auf Holzabstrakten umgestellt und der Winddruck erhöht.
Wiederum 25 Jahre später wurde eine erneute Reinigung des Instrumentes erforderlich. Diese wurde im Sommer 2018 durchgeführt. In einem zweiten Bauabschnitt im Oktober 2019 wurde der Gebläsemotor erneuert und vom Nebenraum im Turm ins Orgelinnere verlegt. Des weiteren wurde die alte Setzeranlage durch ein modernes System (11.000 Plätze) mit Enter-Funktion und USB-Schnittstelle ersetzt, eine Koppelschaltung mit Sub- und Superkoppeln installiert und eine Erweiterung um zwei Register im Schwellwerk durchgeführt.
Wir verfügen mit unserer Orgel über ein wertvolles Instrument, das nicht nur liturgisch, sondern auch konzertant rege genutzt wird: Die Orgel ist das Herzstück unserer Konzertreihe, in deren Rahmen – wie auch im Rahmen der Fürther Kirchenmusiktage - bereits zahlreiche namhafte Musiker aus nah und fern zu Gast in St. Heinrich waren.
Im Laufe der Zeit waren als Organisten an St. Heinrich tätig :